Эксперты СПбГУ создали модуль для расшифровки генома коронавируса

Эксперты СПбГУ создали модуль для расшифровки генома коронавируса

Ученые СПбГУ представили новую разработку, которая позволяет собирать геномы коронавирусов coronaspades. Благодаря coronaspades уже восстановлены последовательности геномов ранее неизвестных коронавирусов.

«Дело в том, что биологи до сих пор не умеют читать геномы так же, как мы читаем книгу: от начала и до конца. Вместо этого они «прочитывают» небольшие фрагменты, которые потом собирают в полный текст. Поэтому сборка генома мало чем отличается от сборки пазла из миллиона частей. Эта задача относится к одной из самых сложных алгоритмических проблем в биоинформатике, и, чтобы ее решить, необходимо использовать специальные инструменты — геномные сборщики», — отметили в пресс-службе вуза.

Модуль coronaspades — разработка, которая поможет сделать более понятным эпидемический процесс. Подходы, которые использованы в coronaSPAdes, будут в дальнейшем применяться для разработки новых сборщиков.

Разработка первой версии coronaspades заняла пару недель. На данный момент создатели сборщика заняты его дальнейшим совершенствованием, однако с его помощью уже сейчас можно восстанавливать геномы коронавирусов de novo, гораздо эффективнее и качественнее, чем альтернативные подходы. Например, из некоторых наборов данных были собраны полноразмерные геномы, по предварительным данным, ранее неизвестных коронавирусов.

Coronaspades использует уникальные алгоритмы, нацеленные на совершенствование восстановления последовательности генома коронавирусов. Более того, подходы, заложенные в coronaspades, будут применяться в дальнейшем для разработки новых сборщиков, использующих информацию о структуре других типов геномов.

Читайте также

Оставить комментарий

Вы можете использовать HTML тэги: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>